Una gran cantidad de residuos provenientes de actividades domésticas, industriales y agrícolas son descargados en los ríos de la cuenca del Lempa; generalmente sin tratamiento que reduzca su impacto negativo sobre la calidad del agua, tanto para los ecosistemas como para los diversos usos que le damos a los recursos hídricos.
Las aguas negras son una de las principales causas de los problemas de salud pública relacionados al agua en Centroamérica. El 100% de los ríos de la región Trifinio muestreados durante 2010-2018 superan los límites máximos permisibles de coliformes fecales de acuerdo con las normativas de los 3 países en la región. Además, el 53% de los ríos en el sector Trifinio superan el límite máximo permisible de fosfatos debido a la descarga de aguas residuales y agroindustriales. La alta concentración de fosfatos incrementa el crecimiento de algas, lo cual altera los ecosistemas acuáticos e impacta negativamente en los recursos pesqueros.
El procesamiento del café, al igual que su producción, ocurren en la parte alta de la cuenca del Río Lempa. Las aguas mieles son el residuo líquido que se produce al procesar el café; la gran mayoría de este efluente agroindustrial es vertido directamente a los ríos, sin haber tenido el proceso de tratamiento de aguas adecuado. En Honduras, por ejemplo, el 98% de los beneficios de café no tratan sus aguas residuales y las vierten directamente en los ríos.
El deterioro de los ríos producto de las aguas mieles afecta a pequeños productores y habitantes de los sitios donde se procesa el café. Los pequeños productores sufren pérdidas de terreno productivo y obstrucción de mangueras de riego debido al mucílago. Además, las aguas mieles son un problema de salud pública y de seguridad alimentaria, ya que contaminan el agua para consumo humano, incrementan la proliferación de mosquitos y moscas, producen mal olor y acentúan los efectos adversos del cambio climático sobre la disponibilidad de agua para irrigación de cultivos. En los ecosistemas, las aguas mieles producen muertes masivas de peces, eventos que, aunque geográficamente limitados a los sitios donde se procesa el café, inciden negativamente en la salud de las poblaciones de fauna en el río entero.