Los humedales y ríos de la cuenca del río Lempa tienen una importante función reguladora de la calidad del clima, la calidad del aire y la calidad del agua. Estos ecosistemas absorben un gran impacto ambiental de las urbanizaciones e industria, degradando y reteniendo contaminantes que son nocivos para el ser humano y la vida silvestre. Los humedales del río Lempa también nos proveen de importantes beneficios no materiales. Sitios como el Embalse Cerrón Grande y los manglares en la desembocadura del río Lempa son importantes focos de ecoturismo en El Salvador. Además, su importancia ecoturística es un claro ejemplo de la belleza escénica que estos ecosistemas aportan al paisaje.

Además de regular la disponibilidad de aguas subterráneas, los bosques de la cuenca del río Lempa regulan la calidad del agua al evitar la erosión del suelo y la consecuente sedimentación de los ríos, esta función es particularmente importante en sector Trifinio, donde los suelos son altamente susceptibles a la erosión debido a las pronunciadas pendientes de las montañas en la región. Los bosques también reducen la vulnerabilidad del suelo a deslaves y regulan el impacto de eventos extremos, como temporales o huracanes, en el terreno.

Los manglares en la zona costero-marina de la cuenca del Lempa proveen protección ante tsunamis, marejadas y previenen la erosión del suelo. Además, algunas especies de fauna como moluscos, peces y crustáceos son muy importantes para la seguridad alimentaria y la economía de comunidades locales. Según el MARN, el valor de las funciones ecosistémicas proveídas por los manglares en El Salvador es de $18,505 por hectárea.