Para determinar el Índice General de Calidad del Agua se cuenta con 24 puntos de control establecidos sobre la red hidrológica superficial de la cuenca alta del río Lema, donde se determinan nueve parámetros: Coliformes, pH, Demanda Bioquímica de Oxígeno, Nitratos, Fosfatos, Cambio de la Temperatura, Turbidez, Sólidos Disueltos Totales y Oxígeno Disuelto. El monitoreo y seguimiento de la calidad del agua en la cuenta alta del río Lempa, se realiza des del año 2010, con monitoreos periódicos durante el año.