El agua constituye un elemento natural indispensable para el desarrollo de la vida y de las actividades humanas; resulta difícil imaginar cualquier tipo de actividad en la que no se utilice.   En nuestro planeta cubre el 75% de su superficie, pero no toda el agua se encuentra en condiciones aptas para el uso humano. El 97.5% del agua es salada, el 2.5% resultante es agua dulce distribuida en lagos, ríos, arroyos y embalses; esta mínima proporción es la que podemos utilizar con más facilidad.

El problema de la contaminación del agua es conocido desde la antigüedad.  En la naturaleza, el agua se presenta siempre mezclada con otros elementos, que pueden ser gases, sales minerales, bacterias, etc. La mezcla de estos elementos se facilita debido al estado líquido del agua y a su alta solubilidad.

El agua, que fluye en las redes hidrológicas, viene generalmente mezclada con algunos elementos naturales; pero cuando ésta contiene sustancias que perjudican la salud humana y a otros seres vivientes, se dice que el agua está contaminada o no es buena calidad. Para el monitoreo y seguimiento de la Calidad del Agua en la Cuenca Alta del Río Lempa, se emplea el Índice General del Calidad de Agua -ICA, el cual permite medir los cambios de la calidad del agua en diferentes tramos del río y comparar la calidad del agua con otros ríos de la región o alrededor del mundo, también los resultados permiten determinar si los afluentes del río Lempa son saludables o están contaminados.